广西银杏是雌雄异株植物，花由叶原摹发育而成，短枝顶芽萌发后，长叶和着生雌花或雄花。广西银杏是风媒花植物，花能随风飘至5-10km，但是授粉效果以1km内**高。广西银杏不仅雄花和雌花不生在同一株树上，而且雄花和雄花的外形也明显有别。银杏树雄花的形状极近似于杨树或柳树的雄花花序，但广西银杏树的雄花虽似花序却只是一朵花，因此广西银杏的雄花只能称之为雄球花，而不是一个花序，着生部位是短枝。广西银杏的雄球花全部着生于银杏的短枝之上，每一短枝可抽出雄球花1～8个不等。每一球花长约1 8～2.5cm，在一柔软的花轴上松散的排列着30～50个雄蕊，在蕊柄顶端着生长有一对长形的花药。花药极小，长2．6～3.7mm。每一花药中有花粉粒1，5～1．9万粒，平均为1．7万粒：如果一广西银杏的雄球花有雄蕊40个时(即花药80个)，则一朵雄球花的花粉粒可多达136万粒。当花药成熟之后，花药自动开裂，散出大量花粉粒，可随风飘扬远达数十里。因此，银杏雌花的授粉机率一般较高。

       以山东省泰安市为例，由于在市区范围内有10株100年生以上银杏雄树，因此，市区的银杏雌树不行人工授粉也年年获得丰收。雌球花单生于短枝顶端，与叶成螺旋状排列，一般2～4朵，**多是8朵。每朵有一个长柄，柄端有一对胚珠，胚珠底部有一个皿形的托，紧包着胚珠基部，叫做胚珠托。胚珠底部的珠心外包一层组织，叫做珠被。珠心上部与珠被分离，形成环状或卵形的珠孔，珠心下部与珠被结合，称合心，珠心中形成胚囊，称雌配子体。在暖温带，胚珠在3月中下旬开始发育，4月中下旬胚珠成熟，珠孔渗出水珠状液体，晶莹透明，通称为授粉滴。授粉时，药粉落在授粉滴上，授粉滴退缩，将花粉粒带进胚珠内，珠孔慢慢关闭，授粉过程结束。银杏雌球花无子房构造，现有"果实"是由胚珠和珠被发育而成，按植物学定义，正确的名称应叫作种子或种实。